2009年重点创新项目继续体现科学发展观和构建和谐社会的要求，注重解决当前市场急需和产业升级的关键技术问题，加大对国家十大重点振兴产业尤其是纺织轻工等行业具有带动作用的关键技术、关键创新产品的支持；加强对能源、资源、环境、卫生健康、公共安全等领域关键技术创新的支持；加快推进科技创新成果的市场转化，尤其是前瞻性、战略性产业项目的培育；必须符合《指南》的支持方向和范围，对于《指南》中明确提出的“本年度重点创新项目优先支持的内容”给予优先支持。
重点创新项目采用无偿资助方式，资助金额为100－200万元。申报工作由推荐单位负责。推荐单位根据重点创新项目申报条件将地方重点支持的项目推荐给管理中心，可采取先行申报后立项支持的方式，地方支持额度不低于创新基金支持数额的60%。
重点创新项目的申报条件：
1. 企业职工人数不超过500人；年营业收入不超过30000万元；资产总额不超过30000万元；至少有三年的运营时间。
2. 符合《项目指南》规定的支持方向，其中符合重点创新项目支持方向优先；项目技术领域是国家及地方重点或急需发展的领域，与产业或行业关联度很大，对产业或行业的发展影响较大；
3. 技术含量高，创新性强，有自主知识产权，优先支持已获得发明专利的项目；
4. 企业具有较高的成长性，3年的营业收入增长率不低于150%，最近一年的营业收入增长率不低于50%，加权平均净资产收益率不低于10%，在被分析的三个年度中，第一年企业营业收入不少于1000万元；
（2009年申报企业3年的销售收入增长率=（2008年度企业销售收入-2006年度企业销售收入）÷2006年企业销售收入×100 %；加权平均净资产收益率=2008年度净利润÷2008年度平均净资产×100%）
5. 市场前景好、经济社会效益显著，有较大的影响力和显示度；
6. 企业已获得过创新基金支持，且项目验收合格；已获得过创业投资或风险投资的优先支持。
7．企业需提交经会计师事务所（或审计师事务所）审计的企业2006年度、2007年度、2008年度的会计报表和相应的审计报告（含会计师事务所营业执照、注册会计师证书的复印件），申报前最近一个月的会计报表。
重点创新项目评审除采取专家“背对背”集中评审方式外，部分项目还要进行答辩或现场考察。未列入重点创新项目支持的，不作为一般项目立项。
申报截止时间为2009年6月15日。
（四）西部欠发达地区专项试点
2009年将在对西藏、青海、宁夏、新疆、贵州、广西省区试点的基础上，增加对甘肃、云南、内蒙古等西部欠发达地区的试点工作。西部欠发达地区专项试点单位应根据本地区的资源、产业特色，制定三年发展规划，经管理中心审核后，从确定的支持范围内提出申报项目，管理中心将根据此类项目的特点制定评价指标体系。