管理中心对推荐单位、项目组织单位推荐的各类创新基金项目按下列程序组织项目审查、评审和立项：
1．对企业和推荐单位、项目组织单位提交的申报资质审查及推荐材料审查；
2．审查合格的项目，管理中心将按照《科技型中小企业创新基金项目评审、评估规范》组织有关专家和机构对其进行立项评审、评估，重点创新项目可采取实地考察、答辩等立项审查方式。地方评审意见和结果，作为立项评审结果的组成部分；
3．根据评审、评估结果，择优确定拟支持项目；
4．确定拟支持的项目，报科技部、财政部批准；
5．经科技部、财政部批准立项的创新基金项目，管理中心将在创新基金网站及其他公开媒体上分期发布公告；
6．立项项目公告发布之日起的两周内为立项项目异议期，管理中心受理项目异议。项目异议受理电话：010-63923550，E-mail：tous@innofund.gov.cn ；地址：北京市复兴路12号C座3层；邮编：100038。
异议期内，推荐单位、项目组织单位负责立项项目的实地审验、地方政府支持资金的落实。
7．在异议期后由企业、项目组织单位和管理中心签订项目合同；
8．为能准确反映创新基金、地方资金支持以及企业自筹资金的到位情况和使用情况，确保专款专用，并有利于对其进行监督检查，资助项目的承担单位须对项目资金进行单独核算。
9. 原则上项目一经立项，企业和项目信息不得变更。
第五章 合同签订和资金拨付
创新基金项目的合同签订工作依照《科技型中小企业技术创新基金项目立项合同签订和管理工作规范》进行，由管理中心负责组织实施。
一、合同签订和管理
1．创新基金项目实行合同管理，正式立项的项目由管理中心与项目承担企业、推荐单位（项目组织单位）三方共同签订合同。自创新基金项目公告之日起两个月内，必须完成立项项目合同的签订工作，确定项目各项技术经济指标、阶段考核目标以及完成期限等条款，合同经管理中心核准盖章后生效，寄回推荐单位（项目组织单位），同时由推荐单位将合同抄送项目所在地省级财政部门。对于有重大异议的项目，管理中心暂不签订合同，并对项目进行复议。合同各方，不得无故逾期完成合同签订工作。
2．合同所涉及项目的主要技术路线、经济技术指标、资金筹措计划和项目的完成时间等内容全部都是申报材料中的内容，并已经通过专家审查，原则上不能在合同签订过程中修改。
3．为了维护立项项目合同的严肃性，在项目执行过程中，合同的主要内容（包括项目名称、承担单位、总体目标及实施阶段目标、技术经济指标、完成期限等）原则上不能修改。