一、创业投资机构资格申请：创业投资机构根据引导基金资格申请要求准备申请材料，经省级科技主管部门推荐后，报送创新基金管理中心。创新基金管理中心组织专家根据《暂行办法》所规定的条件，对创业投资机构的资格申报材料进行审核筛选，符合条件的创业投资机构可以申报2009年引导基金的各类项目（2007、2008年已通过引导基金资格审查的创业投资机构可以直接申请2009年引导基金项目）。
二、阶段参股项目的申报评审程序由申报材料受理、尽职调查、评审委员会评审、项目审定四个步骤组成。
1、申报材料受理：创业投资机构按要求准备申请材料，经省级科技、财政主管部门推荐备案后，报送创新基金管理中心。创新基金管理中心对申报材料完备性、规范性和有效性等进行形式审查。
2、尽职调查：创新基金管理中心组织科技、金融等领域的专业人员对创业投资机构做尽职调查，必要时也可委托会计师事务所、律师事务所等专业中介机构对创业投资机构进行财务审计和相关法律调查。根据尽职调查结果，创新基金管理中心向评审委员会提出评审项目名单。
3、 评审委员会评审：专家根据相关评审标准，对参股方案和尽职调查结果提出初步评价和建议；根据评审委员会建议，创新基金管理中心补充尽职调查或会同创业投资机构进一步完善参股方案及相关协议；专家与创业投资机构的代表面谈；专家在充分讨论的基础上对最终参股方案进行评分并提出立项意见。
4、 项目审定：创新基金管理中心根据评审委员会专家的评审结果提出阶段参股项目的立项建议，报科技部、财政部审定后在创新基金网站上公示，如两周内无异议，与有关创业投资机构及其它投资方签署相关法律文本。
三、风险补助、投资保障项目的申报评审程序由申报材料受理、项目评审和项目审定三个步骤组成。
1、申报材料受理：创业投资机构按要求准备申请材料，经省级科技、财政主管部门初审推荐后，报送创新基金管理中心。创新基金管理中心对申报材料的完备性、有效性等进行形式审查。
2、项目评审：由创新基金管理中心组织专家评审对创业投资机构申报的项目进行评审，并提出初步立项建议。
3、项目审定：创新基金管理中心根据专家评审结果提出风险补助、投资保障项目的立项建议，报科技部、财政部审定后，在创新基金网站上公示，如两周内无异议，与创业投资机构等签署相关合同。
四、跟进投资项目申报评审程序另行通知。