一、预算测控法。是指从财政预算分配入手，通过详查预算分配方案，测算评估各种专项资金支出比例、结构、用途是否合法合理的方法。运用此种方法，对本级政府安排的专款，可以查清是否按政策足额预算，是否按人大批准的预算安排资金，有无用于其他方面或没有完成预算。对上级安排的专款，如支农扶贫资金等，可以查清配套资金是否到位。尤其是对社保基金审计较适用，如现行法规没有明确规定各级财政社会保障预算安排的硬性比例，基层财政年初安排的指标弱化，执行预算时又存在随意性。运用上述方法既节约审计成本，又能弄清以下问题：一是财政部门年初向人大上报的社会保障预算支出比例、结构是否合理，资金的分配是否按现行的原则。二是执行预算时有无混淆中央专项补助指标与本级预算安排指标的问题，有无将中央专项补助资金改变用途或平衡预算。三是财政决算时，有无截留社会保障支出指标，挂无项目、无部门的下年结转科目问题，上报的决算报表是否帐表一致、真实可靠。
　　二、多重结合法。指专项审计与专项调查、财务收支、经济责任审计或其他审计项目有机结合，便于从多角度、多层次发现、跟踪线索查证事项的方法。一是与同级财政审计相结合。重点审计财政部门对上级拨入、本级政府年初预算安排的专项基金是否及时足额到位，是否拨入财政专户进行管理并及时分配下拨，核查有无不按政策规定分配、超范围拨付、滞留未拨、虚列支出、挤占挪用、截留转移或用于平衡财政预算等问题。揭示缺乏专项资金预算的种种弊端和专项资金转移支付行为中不合法、不合理、不公开、不规范的问题。二是与审计调查相结合。专项资金涉及部门多，覆盖面广，使用分散，要把一个县的专款自上而下全部审计，客观上没有必要，也受审计资源限制。为了节约审计成本，对全县所有专款实施审计调查，对县级财政、主管部门管理的专款实施全面审计，对乡镇、建设单位管理的专款实施抽样审计。这样有利于扩大审计覆盖面，提高审计质量与效益，既可把握资金管理质量和总量，又可掌握资金使用的实际情况，既可查出资金管理中存在的问题，又能考核资金使用的整体效益。三是与财务收支审计相结合。目前，有些单位的专款没有建立专帐，而是与单位经费放在一起核算，只有将专项资金审计与财务收支审计有机结合，才能分清专款来源与经费来源、专项支出与经费支出，确认经费与专款是否存在打通使用的现象，确认经费是否挤占了专款。四是与经济责任审计相结合。有利于加强对领导干部权力的制约和监督，增强其专款管理的责任意识。如将专项支出预算、社保费征收率、投入产出率、投资回收期等指标分别作为财政、地税、其他部门、单位负责人任期考核指标之一，对挤占挪用专款用于消费的；监管不到位造成“豆腐渣”、“半拉子”工程的；投资产出率、投资回收期较大幅度低于正常水平的；以种种理由或“借口”不给职工投保或少投保的、有缴费能力又恶意欠费的单位负责人依法追究责任。