国有企业产权改制基本完成以后，对大多数没有证券资格的中小事务所来说，除了工商年检和验资业务以外，主要的业务就是各种专项审计业务。
专项审计是具有特殊目的、专门（单一）用途的审计。现行的审计准则是主要针对定期报表审计制定的。没有专门的专项审计准则，因为专项审计是政府审计或企业内部审计业务范畴。根据用途不同，专项审计的程序与方法等规定分布在各有关文件中。如国有企业清产核资审计业务，是根据2003年9月9日国资委第1号令《国有企业清产核资办法》和《清产核资资金核实工作规定》等四个配套规定进行的。行政事业单位资产清查专项审计，是根据全国行政事业单位资产清查工作小组办公室《关于印发中央级行政事业单位资产清查专项审计报告范本等事项的通知》进行的。常见的专项审计业务主要有：主辅分离、国企改制审计；企业拟合并、分离审计；经济责任审计，离任审计；破产审计（破产宣告前、清算审计）；以摸清家底为目的的财务状况专项审计；基本建设工程财务决算审计。
工商年检审计虽然具有专门的用途，按照中注协的规定属于年度财务报表审计，不属于专项审计，区别在于审计的侧重点是注册资本投入及使用情况，而不是企业的财务状况和经营情况。
专项审计与年度财务报表审计的区别主要在于审计目的、审计重点、重要性水平以及报告的格式不同。专项审计在审计方法、审计程序方面，与年度财务报表审计执行相同的审计准则。专项审计的难点是对查出的问题如何处理以及如何出具恰当的审计报告。现就我自己的工作体会，就专项审计应的几个问题与同仁一起商榷。
一、专项审计的重要性水平
专项审计的重要性水平不能套用年度财务报表审计的重要性水平。假如你的专项审计被认定审计失败，你辩称没有超过年度财务报表审计通用的重要性水平是无效的。因为专项审计的重要性水平与年度财务报表的重要性水平是不同的，一般来说要比年报审计的重要性水平低一些。
一般情况下，专项审计的重要性水平是注册会计师根据委托方的审计目标确定的。委托人要求的审计目标达到什么程度，就是应该设定的重要性水平。由于各种专项审计报告的审计目标不同，不可能设定一个适合于各种专项审计的重要性水平，比如企业改制审计，凡是影响净资产的，只要证据确凿，不论金额大小，都要调整。再如对纳税情况进行专项审计，只要证据确凿，不论金额大小都是重要的，都要进行调整。
从广义的角度来看，年度财务报表审计的重要性水平，也是根据委托方的审计目标确定的，比如上市公司年报审计的重要性水平，是根据财务报告使用者利用会计报表数据判断企业经营情况的审计目标确定的；国有企业年报审计的重要性水平，是根据国资委对会计报表的审计目标确定的。因此，专项审计的重要性水平的确定，与年度财务报表审计本质上没有区别。