创新基金申报工作全面实行数字化管理，企业需登录网络工作系统进行网上申报。
第一 进行注册
1．企业登录当地推荐单位的网站（也可以通过科技部创新基金网站进入当地推荐单位网站），在线填写企业信息；
2．企业下载注册承诺书、注册信息表，法人代表签字，加盖公章；
3．企业将注册资料（加盖企业公章的注册承诺书、注册信息表、企业法人营业执照、国税登记证、地税登记证、企业章程、验资证明等）送交当地区县科技主管部门进行审核认证；
4．区县科技主管部门提出书面认证意见。
第二 进行申报
1．企业按注册的用户名和密码登录当地推荐单位网站（也可以通过科技部创新基金网站进入当地推荐单位的网站），选择申报项目栏目进行操作；
2．企业按照系统的详细提示，了解和明确操作要求；
3．企业填写申报材料（创新基金申报系统提供了详细的指标定义和解释、填报说明和要求、以及相关学习知识，企业完全可以独立完成填报过程）；
4．企业将完成的内容发送推荐，同时将区县科技主管部门的认证材料、加盖企业公章的相关附件报送推荐单位；
5．推荐单位对企业申报资料进行审核，提出修改完善意见，企业修改完善后提交；
6. 推荐单位接收企业申报的项目经审核后，网上激活，完成项目的申报。