一、当前我国事业单位基建账与经费账两套账模式现状
　　(一)原《准则》中关于资金管理的相关规定
　　我国现行的《事业单位会计准则(试行)》中规定，关于基建投资活动的会计处理不执行《事业单位会计制度》，而是按照《国有建设单位会计制度》进行会计核算。另一方面，要求经费账中要设立自筹基建科目，用来核算事业单位在财政补助资金之外，由于建设工程的资金活动的相关核算，如此便形成了经费账和基建账两套账的核算模式。
　　(二)建立两套账核算所存在的几点弊端
　　1、收入容易重复确认
　　我国对于各级财政资金存在着多种的拨付渠道，用于建设项目的资金可以直接拨入事业单位的基建账户，也可以通过单位的经费账作为中转，再划拨入基建账户。不论哪一种方式，款项拨入时都记入其收入科目，这使得在年底决算确认收入时，经费账中的拨入款项和基建账中拨入的收入款项经常会重复计量，造成会计信息的失真。
　　2、资产不完整
　　建设工程从本质上说是单位占有和使用的经济资源，也属于单位的资产范围。而按照原有的核算办法，建设项目从立项到交付使用过程一般较长，期间所形成的资产难以准确归集到固定资产中，在报表中无法完整地反映单位资产状况，资产严重账实不符。
　　3、会计信息不够系统
　　现行准则的要求使得事业单位出现了两个会计主体、两套账，同时还要做两套会计报表，这就使得每一套会计报表都只能反映出事业单位所有的经济活动中的一部分，这与会计中关于“财务报表要真实的完整的反映出单位的经济活动”的要求相违背。另一方面，现行《准则》规定 “基建投资表”也应作为单位会计报表的一部分，而实际操作中则很难实现。
　　4、造成财务管理中的困难
　　事业单位开展建设项目过程中，财政资金拨付往往不够及时，从而造成单位的资金短缺，单位在结算工程款时由于资金拮据往往采取向金融机构借款然后分期偿还的形式，这就使得事业单位形成一部分债务核算管理，而两套账的核算形式往往会造成债务核算的混乱。
　　二、关于建设工程的会计处理方法——增设“在建工程”，实现基建账与经费账并轨
　　(一)基建支出的财务核算方法
　　1、在资产类科目中增设“在建工程”等科目
　　当事业单位的基建工程完工之后，之前计入“在建工程”科目的工程支出，需要由“在建工程”的贷方转入“基建支出”科目的借方。与此同时，增记“固定资产”和“固定基金”科目。