土地增值税清算需要审核大量跨年度收入、成本和费用情况，计算比较复杂，容易产生涉税风险。

清算条件

（一）符合下列情形之一的，纳税人应进行土地增值税的清算：1.房地产开发项目全部竣工、完成销售的；2.整体转让未竣工决算房地产开发项目的；3.直接转让土地使用权的。

（二）符合下列情形之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：1.已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；2.取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的；3.纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的；4.省税务机关规定的其他情况。土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。

预征税款

土地增值税以预征为主，符合条件进行清算。土地增值税暂行条例实施细则第十六条规定，纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待该项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补。《国家税务总局关于加强土地增值税征管工作的通知》（国税发〔2010〕53号）明确，除保障性住房外，我国东部地区省份预征率不得低于2%，中部和东北地区省份不得低于1.5%，西部地区省份不得低于1%。为此，符合上述清算条件的，应按规定进行清算。《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）规定，纳税人按规定预缴土地增值税后，清算补缴的土地增值税，在主管税务机关规定的期限内补缴的，不加收滞纳金。

资料报送

符合上述清算条件第（一）项规定应进行土地增值税清算的项目，纳税人应当在满足条件之日起90日内到主管税务机关报送清算资料。符合清算条件第（二）项规定税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算的项目，由主管税务机关下达清算通知，纳税人应当在收到清算通知之日起90日内报送清算资料。应报送的资料主要有：1.土地增值税清算表及其附表；2.房地产开发项目清算说明，主要内容应包括房地产开发项目立项、用地、开发、销售、关联方交易、融资、税款缴纳等基本情况及主管税务机关需要了解的其他情况；3.项目竣工决算报表、取得土地使用权所支付的地价款凭证、国有土地使用权出让合同、银行贷款利息结算通知单、项目工程合同结算单、商品房购销合同统计表、销售明细表、预售许可证等与转让房地产的收入、成本和费用有关的证明资料。主管税务机关需要相应项目记账凭证的，纳税人还应提供记账凭证复印件；4.纳税人委托税务中介机构审核鉴证的清算项目，还应报送中介机构出具的《土地增值税清算税款鉴证报告》。